Progenity lleva a cabo investigaciones biotecnológicas para mejorar la atención al paciente: las operaciones de secuenciación genética producen miles de millones de archivos pequeños que se utilizan para pruebas de diagnóstico, y todos ellos se encuentran alojados en la plataforma de gestión de datos de archivos de Qumulo.
Progenity, Inc. es una empresa de biotecnología que proporciona a los médicos pruebas de diagnóstico moleculares complejas y especializadas para la salud de la mujer, la medicina reproductiva y la oncología. Progenity lleva a cabo investigaciones de secuenciación genética en áreas como pruebas de portadores genéticos, detección de CFDNA y pruebas de cáncer para fomentar la difusión de información y, en última instancia, proporcionar a la industria datos que conduzcan a una mejor atención al paciente.
La empresa fue fundada en 2012, cuenta actualmente con más de 500 empleados y está creciendo rápidamente. Además de su sede en San Diego, tiene laboratorios e instalaciones de operaciones en Ann Arbor, Michigan y Dallas, Texas. A medida que la empresa continúa expandiéndose, sus necesidades de almacenamiento de datos continúan creciendo exponencialmente.
Las crecientes cargas de trabajo de secuenciación genética con uso intensivo de datos requieren un almacenamiento eficiente y escalable para miles de millones de archivos
A lo largo de los años, el trabajo de Progenity en secuenciación genética ha generado más de mil millones de archivos. Según David Meiser, arquitecto de soluciones para aplicaciones Linux y Windows en Progenity, “Ese ritmo se está acelerando. En dos años, podríamos tener otros mil millones de archivos ".
Con su rápido crecimiento y flujos de trabajo intensivos en datos, Progenity sabía que su anterior proveedor de almacenamiento no podría satisfacer sus necesidades futuras. “Después de unos años con nuestro sistema de almacenamiento original, nos dimos cuenta de que la forma en que trabajaba la empresa no era un buen modelo para nosotros”, dijo Meiser, refiriéndose tanto a los altos costos como a la eficiencia del almacenamiento.
“Un problema que siempre estuvo presente fue que había una sobrecarga de archivo significativa. Los archivos que escribimos son muy pequeños y el tamaño de bloque de nuestro antiguo sistema de almacenamiento era muy grande ”, explicó Meiser. "Descubrimos que no podíamos hacer análisis en el lugar porque los tiempos de acceso eran muy altos".
Mejor valor de densidad de costos para operaciones de secuenciación genética con acceso rápido en las instalaciones o en la nube
Progenity seleccionó Qumulo File Data Platform para entornos de nube híbrida para reemplazar a su proveedor heredado en 2016. Qumulo pudo ofrecer una solución asequible para Progenity, sin sacrificar el rendimiento ni la escalabilidad. El almacenamiento de Qumulo también se ejecuta tanto en las instalaciones como en la nube pública, otra ventaja clave para la migración planificada de Progenity a la nube.
Según Meisner. Arquitecto de soluciones, “Qumulo maneja muy bien archivos pequeños, y eso nuevamente se remonta al costo porque estamos obteniendo una mejor densidad de costos. Incluso si pagáramos lo mismo por un gigabyte de datos en Qumulo que por nuestro sistema heredado, obtendríamos un mejor valor por nuestro dinero ".
Meiser estimó que, de manera conservadora, Progenity ahorra 13 por ciento en espacio de almacenamiento con Qumulo en comparación con su proveedor anterior, pero señaló que los ahorros reales probablemente sean más entre 17 y 20 por ciento.
Factores de éxito: visibilidad en tiempo real, compatibilidad con múltiples protocolos de acceso a archivos y un camino fácil a la nube
La capacidad de Qumulo para proporcionar visibilidad en tiempo real del uso de datos, incluidos los puntos críticos y las ineficiencias, ha demostrado ser un beneficio importante. “Ahora que lo tenemos, lo apreciamos mucho. A medida que migrábamos del sistema heredado a Qumulo, pudimos averiguar qué archivos podía eliminar la gente de investigación y desarrollo para no desperdiciar almacenamiento ".
La compatibilidad de Qumulo con los protocolos del sistema de archivos de red (NFS) y del bloque de mensajes del servidor (SMB) es otra ventaja clave para Progenity. Según Meisner, “Tenemos que poder escribir datos sobre SMB y leer esos datos nuevamente sobre NFS. Esa es nuestra gran historia sobre cómo analizamos los datos ".
Las entradas de datos de Progenity provienen de secuenciadores Illumina, que entregan resultados directamente al clúster Qumulo sobre SMB. Los datos también se copian en el clúster de cómputo NGS (secuenciación de próxima generación), que incluye el almacenamiento local utilizado para el análisis computacional real utilizando el protocolo NFS.
La compañía planea mover su clúster de computación de secuenciación de próxima generación (NGS) a la nube y usar Qumulo para administrar su almacenamiento en la nube pública en AWS. La función de replicación continua de Qumulo asegura que los recursos compartidos locales se mantendrán actualizados. El equipo de atención al cliente de Qumulo estará disponible para garantizar el éxito.
“Estamos muy contentos con las respuestas que hemos recibido de Qumulo en todos los niveles”, dijo Meisner. “Uno de los mayores puntos de venta es tener un canal de Slack donde puedo ponerme en contacto de inmediato con Qumulo Care para cualquier tipo de pregunta, ya sea grande o pequeña. Usamos mucho esa función y realmente nos encanta ".
Lea el artículo completo caso de estudio: Ayudando a Progenity a planificar su futuro: servicio, valor y escala
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